La toma de decisiones en cuanto a métodos de restauración siempre está basada en información científica y confiable, con datos recabados a través de monitoreos de línea base y su seguimiento en el tiempo.
Algunos ejemplos de parámetros ecológicos que se estudian habitualmente, entre muchos otros, son:
Densidad poblacional: Además de observaciones directas de especies nativas e invasoras, se establecen estaciones de monitoreo ya sea en transectos lineales o en cuadrículas, donde se colocan trampas. En el caso de mamíferos estas pueden ser, entre otras: olfativas; Tomahawk o Sherman. También se realizan anillamientos, se hacen búsquedas de rastros y huellas, o se utilizan bloques indicadores de marcas. Cuando se estudian las poblaciones de reptiles o aves se realizan transectos o puntos de conteo, dependiendo de la especie y las características de la isla.
Ámbito hogareño: Por medio de collares transmisores se registran los diversos puntos donde se encuentra un individuo marcado para de esta manera obtener el rango dentro del cual se mueve.
Éxito reproductivo: Se realizan revisiones semanales de nidos seleccionados durante la temporada de anidación por medio de patrullaje o cámaras-trampa, que sirven para estimar el éxito reproductivo de la especie y posteriormente poder determinar la tendencia de la población o el impacto de las especies invasoras.
Condiciones meteorológicas: Se toman datos periódicos de las condiciones meteorológicas particulares en las islas donde se trabaja, analizando parámetros como la humedad relativa, temperatura del ambiente, temperatura superficial del mar, velocidad del viento, entre otros.
Análisis de dieta: Se colectan muestras de estómagos / egagrópilas para conocer su contenido y composición y de esta manera conocer la interacción entre las especies del ecosistema.
Además, los monitoreos post-erradicación son de vital importancia. Éstos han revelado impactos positivos diversos, que van desde nuevos registros de plantas e invertebrados, hasta la recuperación de comunidades vegetales y de vertebrados.