A lo largo de las últimas dos décadas, la trayectoria de México en la conservación de sus islas ha sido muy exitosa. Para que dichas acciones perduren se requiere de un elaborado esquema de colaboración, integración y confianza. En este sentido, GECI trabaja en estrecha colaboración con distintas instancias para desarrollar cada una de las actividades que se llevan a cabo. Por parte de agencias del gobierno federal, ha habido un significativo apoyo institucional. Particularmente importante ha sido la integración a la red de trabajo de la Secretaría de Gobernación (SEGOB), la cual tiene el mandato constitucional para la administración del territorio insular; de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT), que atiende las áreas protegidas insulares a través de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP); así como la Secretaría de Marina – Armada de México (SEMAR) que facilita el trabajo de restauración y conservación con logística e infraestructura. Por su parte, el Instituto Nacional de Ecología y Cambio Climático (INECC) y la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO), apoyan el trabajo de investigación aplicada relacionado con la restauración insular, tanto con recursos económicos como con el impulso a estrategias de largo plazo y la producción y difusión del conocimiento. En colaboración con el Instituto Nacional de Estadística y Geografía (INEGI) se genera y procesa información sobre las características del espacio y medio ambiente insular, con el propósito de conocer y contar con un sistema y marco de referencia sistematizado del territorio insular mexicano.
Además, la alianza con las cooperativas pesqueras que tienen vínculos con las islas es muy importante, en especial con la Federación Regional de Sociedades Cooperativas de la Industria Pesquera de Baja California (FEDECOOP) y cooperativas agremiadas: Pescadores Nacionales de Abulón (PNA), Buzos y Pescadores de Baja California, Abuloneros y Langosteros, y California de San Ignacio. Esta relación ha sido clave para el éxito de los proyectos en las islas del Pacífico de Baja California, tanto de gestión como de conservación aplicada.
También ha habido participación de instituciones académicas y universidad nacionales e internacionales, otras Organizaciones de la Sociedad Civil (OSC), y comunidades locales y donantes nacionales e internacionales, tanto del sector público como privado (Aguirre-Muñoz et al. 2011) .
Conservación de Islas ha trabajado en colaboración con la CONANP para la creación de dos Áreas Naturales Protegidas (ANP). En el caso de la Reserva de la Biosfera Isla Guadalupe, GECI elaboró el Estudio Técnico Justificativo (ETJ-IG) así como un borrador del Programa de Conservación y Manejo de la Reserva. El decreto se publicó en el DOF el 25 de abril del 2005. Por elección de los miembros consejeros, GECI ocupa la Presidencia fundadora del Consejo Asesor de la Reserva.
En el caso de la Reserva de la Biosfera Islas del Pacífico de Baja California, desde 2003 GECI gestionó y promovió su creación, tanto en colaboración con el Estado mexicano —Gobierno Federal, Congreso, Senado—, como por parte de pescadores ribereños organizados, organizaciones de la sociedad civil y grupos académicos. En 2005 Conservación de Islas elaboró el Estudio Técnico Justificativo (ETJ-IP), y en 2008 la Manifestación de Impacto Regulatorio (MIR-IP). El decreto se publicó el 05 de diciembre de 2016, en un evento dentro del marco de la COP 13 en Cancún. Con este decreto se encuentran protegidas todas las islas de México.
En el 2004, Chevron Texaco planteó la instalación de una planta regasificadora de gas natural licuado importado de Oceanía y Sudamérica en la isla Coronado Sur, en la frontera entre México y los Estados Unidos. El permiso de largo plazo le fue otorgado de manera expedita. El hecho representaba una seria amenaza para la vida silvestre y la soberanía de nuestro territorio. Conservación de Islas, en colaboración con comunidades locales de pescadores, grupos de la sociedad civil organizada, socios en los EUA y contacto con dependencias del gobierno federal, encabezó la defensa legal para impedir que el proyecto se llevase a cabo. Luego de diversas acciones legales nacionales e internacionales, sociales y ante los medios, Chevron Texaco, retiró su proyecto, explicando que ya no convenía a sus intereses. Las islas Coronado quedaron por lo pronto a salvo. de especies exóticas invasoras busca acabar por completo con la población de una especie en un área determinada, en nuestro caso, en una isla. Estos proyectos son muy complejos y necesitan una inversión considerable; sin embargo, se realizan en un periodo definido de tiempo, por lo que en una visión a largo plazo, son la mejor oportunidad para la restauración de un ecosistema y presentan un mayor costo-beneficio.
En el 2013, la Organización Naviera Turística del Pacífico S.A. de C.V., presentó sus manifiestos de impacto ambiental, para que les permitieran llevar embarcaciones estadounidenses a realizar actividades de pesca deportiva en la isla Guadalupe. Debido a la cantidad de embarcaciones y la capacidad con que estás contaban, se trataba de una operación que pondría en severo riesgo a la fauna marina de la isla. Además, no otorgaba ningún beneficio al país, mucho menos a las comunidades locales. GECI, en colaboración con la Cámara Nacional de la Industria Pesquera, organizaciones de la sociedad civil y la CONANP pidió que el proyecto fuera rechazado. Finalmente, la organización retiró el proyecto, aunque han existido otros intentos por ejercer la pesca deportiva en la reserva de la biosfera.
Debido a que las especies invasoras son la principal causa de pérdida de biodiversidad en las islas, GECI forma parte del Comité Asesor Nacional de la Estrategia Nacional sobre Especies Invasoras en México: Prevención, Control y Erradicación (CONABIO 2010). El Comité está formado por especialistas en el tema, académicos, organizaciones de la sociedad civil y representantes de diversos sectores del Gobierno Federal que han aportado su conocimiento y experiencia para consolidar dicha herramienta de planificación. En el documento elaborado, se reconoce el serio problema que representan las especies invasoras en las islas mexicanas, y se recomienda su erradicación.
Como parte de un esfuerzo nacional para lograr la conservación y el desarrollo sustentable de las islas de México, así como consolidar la trayectoria seguida hasta ahora en torno a éstas, Conservación de Islas lideró, en conjunto con el Instituto Nacional de Ecología y Cambio Climático (INECC), la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP) y la Secretaría de Gobernación (SEGOB), la elaboración de la Estrategia Nacional para la Conservación y el Desarrollo Sustentable del Territorio Insular Mexicano. La estrategia es la herramienta de política pública integral de largo plazo, que proporciona un marco contextual y orienta de manera ordenada, a través de principios y líneas estratégicas, las actividades y proyectos que se implementen en el Territorio Insular Mexicano.