Las islas mexicanas del Pacífico Norte son sitios importantes de refugio y anidación para varias especies de aves marinas, como la gaviota ploma (Larus heermanni) o la alcuela oscura (Ptychoramphus aleuticus). La introducción de especies exóticas invasoras a islas como Asunción y San Roque provocaron la extirpación de la mayoría de las especies de aves que utilizaban estas islas para reproducirse y criar a sus polluelos. En 1994, Conservación de Islas logró erradicar a las especies invasoras (gatos en ambas islas y ratas en San Roque) que amenazaban los ecosistemas insulares de estas islas, volviéndolas nuevamente un lugar seguro para las aves.

Desde entonces se ha trabajado en la recolonización de diversas especies de aves marinas en islas donde fueron extirpadas, desde las islas Coronado, en la frontera con Estados Unidos, hasta islas del sur de la península de Baja California. Las actividades de restauración incluyen la implementación de técnicas de atracción social; monitoreos continuos de las poblaciones de aves; campañas para evitar contaminación lumínica ; bioseguridad, y la divulgación y aprendizaje ambiental con las comunidades locales y en la región.

Para la restauración de la región de la Corriente de California, Conservación de Islas coordina un programa muy importante denominado Programa de Restauración y Monitoreo de Aves Marinas en las islas del Pacífico, el cual beneficiará a toda una ecorregión internacional, favoreciendo a aves como el pelícano café , las alcuelas, los petreles , los cormoranes y mérgulos. Este programa cuenta con el respaldo del Laboratorio de Ornitología de la Universidad de Cornell (grupo académico de vanguardia en el tema, con un siglo de experiencia) y la organización internacional Audubon (dedicada a la conservación de las aves, también con antigüedad de más de un siglo), y otros expertos. El proyecto es apoyado de manera muy significativa por el Fondo de Compensación Ambiental Montrose-Luckenbach, a través de NFWF y el FMCN.

El programa suma además las fortalezas de varios socios y el respaldo de instituciones mexicanas fundamentales, como son la CONANP, la SEGOB, el INE, la CONABIO, el FMCN y el FANP; y cuenta con el apoyo invaluable de las cooperativas pesqueras de la región —California de San Ignacio, Buzos y Pescadores y Pescadores Nacionales de Abulón—, agrupadas en la Federación Regional de Sociedades Cooperativas de la Industria Pesquera Baja California (FEDECOOP), quienes colaboran de manera decidida en los trabajos de campo.

Como parte del programa, Conservación de Islas ha colocado sistemas de atracción socia l y madrigueras artificiales en las islas Coronado, Todos Santos, San Martín, San Jerónimo, Guadalupe, San Benito Oeste, Natividad, Asunción y San Roque. Mediante el uso de señuelos (aves falsas), espejos y sistemas de sonidos con llamados coloniales de las aves, se ha logrado que especies como el gallito elegante -que había sido extirpado de las islas- aumente el número de individuos de sus colonias. Además se ha registrado ya la anidación de la gaviota ploma y la recolonización de la alcuela oscur a; y se ha registrado por primera vez la anidación de los ostreros negro y americano , y el mérgulo de Craveri.

En las islas del Pacífico Norte, en particular, 4 islas de Coronado y 2 islas de Todos Santos , GECI ha trabajado en la restauración y monitoreo de 8 especies de aves marinas, mediante actividades como restauración de hábitat, reducción de disturbios de humanos, campañas para evitar la contaminación lumínica y educación ambiental.

En las islas San Martín y San Jerónimo , también se han llevado a cabo acciones de restauración y monitoreo de las poblaciones de aves marinas. En la isla San Martín mediante el rediseño y el establecimiento de senderos, así como la restauración y monitoreo de la población de las aves marinas; y en la isla San Jerónimo mediante la instalación de cajas nido, y trabajando a su vez en la disminución de contaminación lumínica. En ambas islas, se implementaron sistemas de sonido acústicos para el monitoreo y atracción de aves nocturnas, y se buscó reducir al mínimo la perturbación humana, mediante la restricción de acceso a los sitios de reproducción y descanso, sin dejar atrás la educación ambiental y divulgación del cuidado de las islas a las comunidades locales. Las especies de enfoque de San Martín y San Jerónimo son el pelícano café y la alcuela oscura.

Así como la fauna, la flora también es prioridad de conservación para GECI, es por ello que durante la temporada de campo se lleva a cabo la eliminación de la vegetación no nativa, lo cual trae como consecuencia el mejoramiento del hábitat de anidación de las aves marinas. GECI ha centrado sus esfuerzos en los sitios altamente potenciales para la anidación de las especies tanto de superficie como de madriguera, logrando eliminar la planta de hielo (Mesembryanthemum crystallium), invasora en las islas de Todos Santos, San Martín, Natividad y San Roque.