La isla Espíritu Santo, con una superficie de 79.92 km, forma parte de un complejo insular localizado frente a las costas de Baja California Sur y que pertenece al Área de Protección de Flora y Fauna Islas del Golfo de California, decretada en junio de 2000 (DOF 07-06-200). La importancia ecológica para esta región es bien conocida y está representada en la diversidad de aves y peces asociados a estas islas. En su conjunto, el complejo insular alberga cerca de 233 especies de plantas vasculares. Este número representa más del 40% del total de especies vegetales registradas para las islas del Golfo de California. Entre las 54 plantas endémicas que se han estudiado para el complejo, destacan: Opuntia brevispina (endémica de Espíritu Santo), Cryptantha grayi var. nesiotica y Acacia pacensis. Dentro de la fauna terrestre de la isla destacan tres mamíferos endémicos, incluyendo al babisuri (Bassariscus astutus saxicola) único mamífero carnívoro nativo de la isla; la liebre negra (Lepus insularis) y el juancito (Ammospermophilus insularis). Las aves son los vertebrados más numerosos en el complejo insular. En total anidan o reposan unas 90 especies diferentes, principalmente aves marinas, tanto residentes, como migratorias y visitantes ocasionales. De manera particular, en Espíritu Santo se han identificado 58 especies de aves terrestres; un total de 27 reptiles, de los cuales tres son endémicos; y dos especies de anfibios. Además, alberga 62 especies y subespecies listadas bajo alguna categoría de riesgo en la NOM-059-SEMARNAT-2010 .

Por su elevada riqueza biológica tanto terrestre como marina, así como por sus formas naturales y paisajes, desde 2005 las islas que integran esta área natural protegida son Patrimonio Natural de la Humanidad, categoría otorgada por la UNESCO a petición del gobierno mexicano, y es parte del Programa del Hombre y la Biosfera (MAB, por sus siglas en inglés). Además, la isla es un Área Prioritaria Marina para la Conservación por la Comisión de Cooperación Ambiental (Morgan et al. 2005), y forma parte de la ecorregión marina de América del Norte denominada Golfo de California (Wilkinson et al. 2009).

Para la isla Espíritu Santo se tiene un registro de siete especies exóticas invasoras: cinco plantas vasculares y dos mamíferos. Hasta donde se tiene conocimiento, a la fecha no existen registros fiables de la presencia de especies de invertebrados o aves exóticas.

Actualmente, GECI se encuentra en la etapa final de la erradicación de gato feral, la verificación de ausencia. Por años, el gato feral ocasionó serios daños en la isla, por lo tanto, su erradicación representa una acción prioritaria para la restauración del ecosistema y la protección de su biodiversidad. Ello forma parte de las acciones estratégicas establecidas en el Subcomponente de Restauración Ecológica del Programa de Manejo de esta ANP (DOF 24-07-2001).

Otro paso importante en la restauración de la isla es la erradicación de las cabras ferales. Debido a sus hábitos gregarios , las cabras causan daños en zonas muy localizadas. Su dieta generalista y oportunista, las convierte en las mayores depredadores de plantas (León-de la Luz y Domínguez-Cadena 2006). Este grupo de herbívoros es responsable de aumentar la erosión del suelo al desproveerlo de la cubierta vegetal protectora. En la mayoría de los casos, la flora de las islas carece de adaptaciones que les permitan subsistir la depredación de especies herbívoras. De hecho, la UICN ha identificado a la cabra feral como la principal amenaza para el 26% de las especies nativas de flora en las islas del planeta (Campbell y Donlan 2005), por lo que junto con las ratas y gatos ferales, es reconocida como una de las especies exóticas invasoras más dañinas en el mundo (Lowe et al. 2004). En el caso de Espíritu Santo, la excesiva depredación en la flora modifica el hábitat de especies endémicas como el babisuri (Bassariscus astutus saxicola) y tres roedores endémicos. Además, constituye un competidor importante por el mismo tipo de alimento con otros mamíferos de tallas menores, como la liebre negra (Lepus insularis) y otros herbívoros (GECI, datos no publicados).

La eliminación de las cabras ferales es un paso obligado a seguir en la restauración integral de una isla tan importante en términos de biodiversidad como Espíritu Santo. En este sentido, GECI en estrecha colaboración con CONANP, SEMARNAT, Gobierno del Estado de Baja California Sur, SAGARPA y caprinocultores, lleva a cabo la remoción viva de cabras ferales, como una primera fase del proyecto de erradicación.